インストールと各必要な設定を終えて、ようやく暗号化と復号化の環境が整えたのだ。
暗号化と復号化を実行する際に、複数の秘密鍵を利用することもできる。この時あなたは利用される一本の秘密鍵を選択肢、アクティブに指定する必要がある。この手順ではコマンドオプション -u UID 、若しくは --local-user UID を使う。こうして、デフォルトの鍵が UID で指定された鍵に切り替えられる。
メッセージの受信者を変更するにはコマンドオプション -r 或いは --recipient を使う。
暗号化を行うには次のコマンド実行する：
gpg -e Recipient [Data]
または：
gpg --encrypt Recipient [Data]
他人にあなたの名義を詐称されるリスクを避けるには暗号化したすべてのものに署名を行うのは有効な方法である。注：詳細は 署名 の節を参考してください。
復号化を行うには次のコマンドを実行する：
gpg [-d] [Data]
または：
gpg [--decrypt] [Data]
もちろんここのすべての実行結果は標準出力に出力される、コマンドオプション -o のリダイレクト機能を利用してファイルに出力することができる。